calypso package

Subpackages

• calypso.calculators package
  • Submodules
    • calypso.calculators.atlas module
    • calypso.calculators.calculator module
    • calypso.calculators.gulp module
    • calypso.calculators.lammps module
    • calypso.calculators.mlp module
    • calypso.calculators.mlp_vasp module
    • calypso.calculators.pwscf module
    • calypso.calculators.vasp module
• calypso.config package
  • Config
    • Config.inherit_default()
    • Config.inherit_default_and_from_file()
    • Config.get_calculator_config()
    • Config.get_dispatcher_config()
    • Config.get_generator_config()
  • Submodules
    • calypso.config.config module
      • AdsorptionStyle
      • Config
      • IAlgo
      • ICode
      • IDisp
      • IFit
      • IRunner
      • ISim
      • IType
      • NestedMongoDict
      • convert()
      • merge_dict()
      • parser_spg()
      • pre_process_config()
      • recursive_update()
      • to_lower_configdict()
      • verify_config()
    • calypso.config.read_dat module
      • LogicLine
      • SplitLine
      • SplitBlock()
      • map_v7tov8()
      • multiline()
      • read_inputdat()
      • singleline()
• calypso.data package
  • Element
    • Element.from_row_and_group()
    • Element.block
    • Element.covalent_radius
    • Element.covalent_volume
    • Element.group
    • Element.is_actinoid
    • Element.is_alkali
    • Element.is_alkaline
    • Element.is_chalcogen
    • Element.is_halogen
    • Element.is_lanthanoid
    • Element.is_metal
    • Element.is_metalloid
    • Element.is_noble_gas
    • Element.is_post_transition_metal
    • Element.is_radioactive
    • Element.is_rare_earth
    • Element.is_transition_metal
    • Element.mass
    • Element.metallic_radius
    • Element.name
    • Element.number
    • Element.row
    • Element.symbol
    • Element.vdw_radius
  • get_covalent_volume()
  • number2symbol()
  • numbers2symbols()
  • symbol2number()
  • symbols2numbers()
  • Submodules
    • calypso.data.atomic module
      • DummyElement
      • Element
      • get_covalent_volume()
      • number2symbol()
      • numbers2symbols()
      • symbol2number()
      • symbols2numbers()
    • calypso.data.math_refer_of_group module
      • BravaisLattice
      • BraviasLattice
      • CrystalFamily
      • CrystalFamilyEnum
      • CrystalSystem
      • CrystalSystemEnum
      • CrystallographicPointGroupSymbolEnum
      • LatticeSystem
      • LatticeSystemEnum
      • MappingManager
      • PointGroupSymbol
      • Prim2UnitFactor
      • pointgroup_subgroup_mapping
      • dumps_json()
      • find_pointgroup_from_layergroup()
      • find_pointgroup_from_spacegroup()
      • get_bravais_lattice_pearson_symbol()
      • get_crystal_family()
      • get_crystal_system()
      • get_lattice_system()
      • get_point_group_2d()
      • get_point_group_3d()
• calypso.database package
  • Submodules
    • calypso.database.tables module
• calypso.descriptors package
  • Submodules
    • calypso.descriptors.BondCharMatrix module
    • calypso.descriptors.ccf module
    • calypso.descriptors.descriptor module
    • calypso.descriptors.nan module
      • NANDescriptor
• calypso.dispatchers package
  • Submodules
    • calypso.dispatchers.dispatcher module
      • Dispatcher
• calypso.evolution package
  • Subpackages
    • calypso.evolution.pso package
      • Submodules
    • calypso.evolution.sabc package
      • Submodules
  • Submodules
    • calypso.evolution.evolution module
• calypso.fitnesses package
  • Subpackages
    • calypso.fitnesses.fortran package
  • Submodules
    • calypso.fitnesses.enthalpy module
      • EnthalpyFitness
    • calypso.fitnesses.fitness module
    • calypso.fitnesses.gibbs module
    • calypso.fitnesses.hardness module
    • calypso.fitnesses.magmom module
    • calypso.fitnesses.nan module
      • NanFitness
    • calypso.fitnesses.xrd module
• calypso.generators package
  • Subpackages
    • calypso.generators.fortran package
  • Submodules
    • calypso.generators.cluster_generator module
    • calypso.generators.crystal_generator module
    • calypso.generators.dummy module
    • calypso.generators.generator module
    • calypso.generators.layer_generator module
    • calypso.generators.layer_molcrystal_generator module
    • calypso.generators.molcrystal_generator module
    • calypso.generators.surface_generator module
    • calypso.generators.wo_comb_enumeration module
    • calypso.generators.wocg_gen module
• calypso.io package
  • Submodules
    • calypso.io.atlas module
    • calypso.io.extxyz module
    • calypso.io.gulp module
    • calypso.io.io module
    • calypso.io.iotemplate module
    • calypso.io.lammps module
    • calypso.io.pwscf module
    • calypso.io.vasp module
    • calypso.io.xyz module
• calypso.local_env package
  • Submodules
    • calypso.local_env.neighborlist module
• calypso.math package
  • Subpackages
    • calypso.math.symmetry package
      • Submodules
  • Submodules
    • calypso.math.LLL_reduce module
    • calypso.math.gs_orth module
    • calypso.math.linprog module
    • calypso.math.parallelepiped module
    • calypso.math.pbc module
    • calypso.math.rotation module
    • calypso.math.simplex module
    • calypso.math.space_euclidean module
    • calypso.math.space_periodic module
    • calypso.math.special module
• calypso.plugins package
  • Subpackages
    • calypso.plugins.cond_cdvae_deploy_v1 package
      • Subpackages
      • Submodules
    • calypso.plugins.landscape_spn_deploy_v1 package
      • Submodules
    • calypso.plugins.legacy_calypso package
      • Submodules
    • calypso.plugins.synth_deploy_v1 package
      • Submodules
  • Submodules
    • calypso.plugins.cli_cleancache module
      • add_parser()
      • cleancache()
    • calypso.plugins.cli_cleanjobs module
      • add_parser()
      • cli_func()
    • calypso.plugins.cli_compressjobs module
      • add_parser()
      • cli_func()
    • calypso.plugins.cli_convert module
      • add_parser()
      • cli_func()
    • calypso.plugins.cli_convexhull module
    • calypso.plugins.cli_findkpath module
      • add_parser()
      • cli_func()
    • calypso.plugins.cli_plot_band_dos module
      • add_parser()
      • cli_func()
    • calypso.plugins.cli_spg module
    • calypso.plugins.cli_supercell module
      • add_parser()
      • cli_func()
    • calypso.plugins.cli_update_prototype module
    • calypso.plugins.cli_wyckcomb module
      • add_parser()
      • cli_func()
    • calypso.plugins.run_mlp module
      • MODEL
      • OPTALGO
      • get_calculator()
      • get_calculator_chgnet030()
      • get_calculator_dp()
      • get_calculator_eqv2()
      • get_calculator_m3gnet()
      • get_calculator_mace_mp()
      • get_calculator_mace_off()
      • get_calculator_orb()
      • get_calculator_sevenn()
      • get_optimizer_algo()
      • main()
      • run_opt()
• calypso.runners package
  • Submodules
    • calypso.runners.runner module
    • calypso.runners.splitrunner module
    • calypso.runners.threadrunner module
    • calypso.runners.worker module
• calypso.tools package
  • Submodules
    • calypso.tools.convexhull module
    • calypso.tools.find_kpath module
    • calypso.tools.pycak module
• calypso.utils package
  • LazyLoader
  • Registry
    • Registry.register_module()
  • log_init()
  • proxy_attrs()
  • seed_everything()
  • singleton()
  • Subpackages
    • calypso.utils.fortran package
  • Submodules
    • calypso.utils.detect_seperator module
      • detect_seperator()
    • calypso.utils.factory module
      • Factory
    • calypso.utils.hash module
      • hash_str()
      • hash_uints()
      • uint2base64()
    • calypso.utils.lazyloader module
      • LazyLoader
      • lazy_import()
    • calypso.utils.level_json module
      • MontyLevelEncoder
    • calypso.utils.log module
      • LogAdapter
      • StructureMessage
      • clean_handlers()
      • get_config_dict()
      • init()
      • log_if_fail()
    • calypso.utils.proxy_attrs module
      • proxy_attrs()
    • calypso.utils.registry module
      • Registry
    • calypso.utils.rotate_dir module
      • rotate_name()
    • calypso.utils.seed module
      • seed_everything()
    • calypso.utils.singleton module
      • ParameterizedSingletonMeta
      • SingletonMeta
      • WeakParameterizedSingletonMeta
      • singleton()
    • calypso.utils.str_parser module
      • parse_slice()
    • calypso.utils.supercell module
    • calypso.utils.to_toml module
      • dict_to_toml()
      • format_list()
      • format_value()
      • write_toml()

Submodules

• calypso.calydata module
• calypso.cli module
  • cli_main()
  • get_plugins_module_name()
  • unknown_cli_func()
• calypso.constants module
  • CalypsoFiles
    • CalypsoFiles.create()
    • CalypsoFiles.remove()
  • get_cache_dir()
• calypso.formula module
  • Formula
    • Formula.__str__()
    • Formula.count()
    • Formula.format()
    • Formula.get_anonymous_formula()
    • Formula.get_reduced_formula()
    • Formula.anonymous_formula
    • Formula.count
    • Formula.elements
    • Formula.reduce
  • FormulaFmt
    • FormulaFmt.ALPHABET
    • FormulaFmt.HILL
    • FormulaFmt.METAL
    • FormulaFmt.PERIODIC
  • FormulaUnit
    • FormulaUnit.sample_range()
    • FormulaUnit.find_file_map()
    • FormulaUnit.get_pseudo_formula()
    • FormulaUnit.get_structure_template()
  • sample_range()
• calypso.lattice module
• calypso.logo module
• calypso.main module
• calypso.population module
• calypso.site module
  • Site
    • Site.check_dtype()
    • Site.copy()
    • Site.caly_velo
    • Site.cartpos
    • Site.fix
    • Site.force
    • Site.magmom
    • Site.mass
    • Site.number
    • Site.symbol
    • Site.velocity
• calypso.sites module
• calypso.symbols module
  • Symbols
    • Symbols.as_numbers()
    • Symbols.as_strings()
    • Symbols.formula
• calypso.wrapper module